开发中 - NEO AI 的垂直领域之一

计算生物学,展示它的证据。

我们正在构建一个研究环境,将公开的生物数据转化为原创分析、可检验的假设和可重复的结果。每项结果发布时都将附带其来源、局限性,以及任何人都可以使用的验证方式。

艺术插图,并非真实结构。可拖动旋转。

我们没有实体实验室。我们拥有的是一种方法:使用公开数据,在测试前确定研究方案,并将结果与验证所需的一切一同封存。当某个假设需要实验时,会按照已登记的方案交由合作实验室完成。

三个研究项目

每个项目都向现有公开数据提出具体、可衡量的问题,并说明哪些可以通过计算确定,哪些需要实验室验证。

合成数据,仅作示意
  • 有来源的关联
  • 由模型推断
  • 相反证据

疾病、基因、靶点、分子、研究

Discovery Atlas

围绕某种疾病或靶点绘制证据图谱。每条关联都标明来源、版本和局限性,矛盾之处保持可见,而不是被平均掉。

提出的问题

  • 对于特定适应症,哪些人类证据支持或反驳某个靶点?
  • 表面上的共识中,有多少来自独立研究,又有多少来自对同一数据集的重复使用?
  • 经过有据可查的现有技术检索后,哪些假设仍未得到充分研究?

将交付的成果

附有来源的证据图谱、附带反方论据和验证计划的假设卡片,以及与证据一同封存的档案。

合成数据,仅作示意
  • 参考轮廓
  • 模型掩膜
  • 失败案例

生物图像、分割、形态学

BioVision

衡量图像分析模型在生物图像上的真实表现。所有模型都在完全相同的方案下比较,数据按培养板、实验室或供体划分,确保测试图像绝不会泄漏到训练中。

提出的问题

  • 分割模型在从未见过的实验室图像上能否保持其准确性?
  • 热门基准测试是否因训练图像与测试图像来源相同而高估了性能?
  • 哪些失败类型占主导,代价是什么?

将交付的成果

带有数据泄漏控制的基准测试、可重复的报告、模型卡片和失败案例图集。

合成数据,仅作示意
  • 条件 A
  • 条件 B
  • 低置信度

单细胞、扰动、泛化

Cell Intelligence

研究单细胞和扰动数据,检验模型的预测在从未见过的扰动或细胞环境中是否成立,并首先与简单基线进行比较。

提出的问题

  • 在考虑不确定性的前提下,候选模型在从未见过的扰动上能否胜过简单基线?
  • 哪些特征在不同研究、供体和批次之间保持一致?
  • 模型在哪里失败:按细胞类型、按扰动、还是按数据集?

将交付的成果

附带置信区间的基线比较、模型卡片,以及与阳性结果同等可见地发布的阴性结果。

插图不是结构

本页顶部的双螺旋是艺术作品。这里展示的分子是真实的:通过 X 射线衍射测得并发表在 Protein Data Bank 中的原子坐标。我们始终将两者分开,每个科学视图都标明其来源。

这些结构是公开的参考数据,并非 NEO Bio n Tech 的研究结果。此处提供的文件与 RCSB 的副本逐字节相同;其指纹由您的浏览器重新计算。

PDB 条目
1BNA
分子
DNA 5'-CGCGAATTCGCG-3',Drew-Dickerson 十二聚体
方法
X 射线衍射
分辨率
1.9 Å
提交日期
1981-01-26
主要引文
Drew HR et al., Proc Natl Acad Sci USA 78:2179-2183 (1981)
许可
CC0 1.0,wwPDB 档案
显示的原子
-
文件的 SHA-256
df42f1506792f191b957227b061360652adcf6f813eb69d9ec553067ea584670
按元素着色:碳、氮、氧、磷、硫。 C N O P S

从问题到可验证的结果

每个项目都遵循同样的路径。每一步都留下带日期的记录,需要人工决定的步骤无法由软件跳过。

  1. 1

    提出精确的问题

    由一位署名科学家负责一个可检验的问题。首先检索已有研究,并列出所查阅的来源。

  2. 2

    先确定研究方案

    在接触最终测试数据之前,对比较对象、指标、数据划分和终止规则进行版本管理。

  3. 3

    带来源记录地计算

    每次运行都记录数据版本、代码、模型、参数、随机种子和运行环境。失败的运行和阴性结果都会保留。

  4. 4

    审阅、封存、发布

    由作者以外的审阅者评估一个确定的版本。证据经过封存并加盖时间戳,只有获得授权的版本才会公开。

完整性不等于真实性

每项结果都带有四项独立的说明。它们绝不会合并成一个绿色徽章,因为一项结果可能完整却未被重复,也可能已审阅却未发布。

技术完整性

文件与其记录的指纹一致;签名和时间戳验证通过。

它并不说明分析是否正确。

可重复性

有人根据封存的档案重新运行分析,并在声明的容差范围内得到相同结果。

重复一个有缺陷的设计,只会重复其缺陷。

科学验证

证据等级:仅为计算证据,还是已由实验证实,以及由谁证实。

仅靠计算永远无法确立治疗效果或作用机制。

发布状态

内部、预印本、同行评审、已更正或已撤回。

预印本未经同行评审;同行评审也不等于重复验证。

改动一个字符,封印即被打破

证明档案的封存方式是:为其每个部分计算 SHA-256 指纹,再将这些指纹组合成一棵 Merkle 树。今后只有这棵树的根会加盖时间戳并锚定到公共区块链上。修改下方任意部分,看看哪些指纹发生了变化。

在您的浏览器中通过 Web Crypto 实时计算,不会发送任何数据。

示意用的示例档案
Merkle 根 -
-
-
封存时的根: -

区块链锚定能证明什么

它能证明

某个确切的指纹在某个区块时间已经存在,因而其中包含的每份档案也已存在。

它不能证明

结果是否真实或新颖、谁是真正的作者、权利归谁所有,或者是否存在专利。

链上绝不写入任何内容、个人数据或机密:只写入一个指纹和一个格式版本。

LILI 的工作公开透明

LILI 是 NEO AI 的助手,旨在帮助我们的科学家检索文献、准备研究方案、启动流程和整理档案。它的每一步都将可见:计划、来源、调用的工具、预估成本,以及仍需人工完成的部分。

LILI 的回答绝不是验证,多个 AI 智能体之间的一致也绝不算作独立审阅。

任何 AI 系统都不是作者。每项公开结果都会披露 AI 的使用情况。

所有垂直领域共用一个大脑

NEO Bio n Tech 是 NEO AI 的垂直领域之一,NEO AI 是 My NEO Group 的智能操作系统。NEO AI 目前有六个垂直领域,另有二十个正在筹备上线,最终将达到约一百个。每个垂直领域都保留自己的数据和权限。

了解 NEO AI 的垂直领域

LILI

示意流程

比较该适应症的三个候选靶点,并展示相反的证据。

  1. 计划检索已有研究,收集人类遗传学和表达证据,列出矛盾之处,起草比较报告。
  2. 来源文献、遗传学和靶点数据库,均注明版本和许可。
  3. 工具文献检索、证据图谱、研究去重。
  4. 预估成本运行前显示,并受项目预算上限约束。
  5. 仍需完成在任何分享之前,由作者以外的科学家审阅。

建立在公开科学之上

在编写任何代码之前,我们已对各项目将依托的公开来源进行了评估:访问方式、各用途的许可、数据量以及相互重叠情况。权利不明确的来源一律不用。

  • 文献

    PubMed, PubMed Central, Europe PMC, BioStudies

  • 遗传学

    Open Targets, GWAS Catalog, ClinVar, gnomAD, GTEx, Ensembl

  • 分子

    ChEMBL, PubChem, BindingDB, ChEBI

  • 蛋白质与通路

    UniProt, RCSB PDB, AlphaFold DB, InterPro, Reactome, STRING

  • 细胞与扰动

    GEO, CELLxGENE, scPerturb, Tahoe-100M, Open Problems

  • 成像

    BioImage Archive, IDR, BBBC, Cell Painting Gallery

  • 临床试验

    ClinicalTrials.gov, openFDA

初步分析已于 2026 年 10 月完成:评估了 110 个来源,测算了 26 个数据集的规模,审查了 61 个模型和库的代码及权重许可,并对公开接口进行了 49 次实时访问测试。

所列名称为我们目录中的公开资源。列出某项资源并不意味着合作或认可。

目前进展

NEO Bio n Tech 正在开发中。本页任何内容都不作为发现成果呈现。

  1. 已完成

    来源、许可和模型分析

    已于 2026 年 10 月完成,并对公开接口进行了实时测试。

  2. 已完成

    研究环境设计完成

    设计系统、3D 可视化库,以及使用演示数据的可浏览原型。

在此计算,在别处检验

问题计算能够确定的内容需要实验验证的内容
在所查阅的来源中,某个基因是否与某种疾病相关?可以,并注明来源、版本和人群不需要
调控某个靶点是否会改变疾病生物学?只能作为假设,并附上支持和相反的证据需要,与合作实验室按已登记的方案进行
分割模型在新实验室的图像上是否依然可靠?可以,使用按来源划分的预留公开数据仅在不存在独立公开数据时需要
预测的扰动响应在真实细胞中是否成立?与预留的公开测量数据进行一致性比较需要,适用于任何新的预测

与我们合作

大学、实验室、数据提供方和科研资助机构:如果您希望检验某个假设、重复某项结果,或在明确条件下共享数据集,请通过 My NEO Group 的联系页面与我们联系。